City of Boerne lwn Flores , kes di mana Mahkamah Agung AS pada 25 Juni 1997, memutuskan (6–3) bahawa Akta Pemulihan Kebebasan Beragama (RFRA) tahun 1993 melebihi kuasa Kongres. Menurut pengadilan, walaupun tindakan itu bersifat konstitusional mengenai tindakan persekutuan, itu tidak dapat diterapkan ke negeri-negeri.
Di Boerne, Texas, gereja Katolik setempat, sebuah bangunan bergaya adobe tradisional, menjadi kecil bagi jemaatnya, dan pada tahun 1993 Patrick F. Flores, uskup agung San Antonio, meminta izin untuk memperbesar gereja tersebut. Majlis bandar raya itu menolak izin itu, dengan menyebut peraturan yang dirancang untuk memelihara daerah bersejarahnya. Flores mengajukan tuntutan, dengan mendakwa penolakan izin tersebut melanggar RFRA, yang menyatakan bahawa "[g] pemerintah tidak akan membebankan seseorang secara besar-besaran dalam menjalankan agama walaupun beban tersebut disebabkan oleh aturan yang berlaku umum." Perbuatan itu terpakai kepada kerajaan persekutuan dan negeri.
RFRA datang tiga tahun selepas Bahagian Pekerjaan, Jabatan Sumber Manusia Oregon lwn Smith(1990), di mana Mahkamah Agung memutuskan bahwa sebuah negara dapat menolak faedah pengangguran kepada anggota Gereja Orang Asli Amerika yang dipecat dari pekerjaan mereka kerana mereka memakan peyote untuk tujuan sakramen; mahkamah menjelaskan bahawa undang-undang yang secara rasmi berkecuali terhadap agama boleh diguna pakai oleh pemerintah. Sebagai tindak balas, Kongres meluluskan RFRA, menjadikannya lebih sukar bagi pemerintah untuk mengatasi kebebasan beragama. Dalam memperluas akta tersebut kepada pemerintah negara bagian, Kongres bergantung pada Seksyen 5 Pindaan Keempat Belas, yang memberikannya kekuatan untuk menegakkan ketentuan pindaan itu; Pindaan Keempat Belas memerlukan proses yang sewajarnya sebelum merampas nyawa, kebebasan, atau harta benda, dan perlindungan yang sama di bawah undang-undang.
Di Flores , sebuah mahkamah daerah persekutuan memutuskan Boerne, menyatakan bahawa RFRA tidak berperlembagaan. Mahkamah Rayuan Litar Kelima, bagaimanapun, berbalik dengan mendapati undang-undang tersebut berperlembagaan.
Kes itu dibahaskan di Mahkamah Agung pada 19 Februari 1997. Ia berpendapat bahawa Kongres tidak memiliki kebebasan untuk membuat undang-undang di bawah Seksyen 5 Pindaan Keempat Belas. Kongres hanya memiliki kekuatan untuk menguatkuasakan ketentuan, yang dilakukan pengadilan, tetapi tidak dapat mengubah hak yang ditegakkan. Akibatnya, Kongres mempunyai kekuatan untuk mencegah penyalahgunaan di bawah Pindaan Keempat Belas. Untuk menggambarkan hal ini, pengadilan menyebut Undang-Undang Hak Mengundi tahun 1965. Mahkamah telah mengesahkan tindakan itu dalam berbagai kes, dan mendapati bahawa Kongres berhak untuk membuat "langkah-langkah pemulihan dan pencegahan" yang kuat untuk memperbaiki "diskriminasi kaum yang meluas dan berterusan" dalam Amerika Syarikat. Dalam kes RFRA, bagaimanapun,mahkamah mendapati bahawa sejarah perundangan undang-undang tersebut tidak memiliki "contoh contoh undang-undang yang berlaku secara umum yang disahkan kerana ketaksuban agama dalam 40 tahun terakhir." Lebih jauh lagi, pengadilan menemukan bahwa tindakan itu "sangat tidak sesuai dengan objek perbaikan atau pencegahan yang seharusnya tidak dapat dipahami sebagai responsif, atau dirancang untuk mencegah, perilaku tidak berperlembagaan."
Sebagai tambahan, pengadilan mendapati bahawa RFRA terlalu luas dan akan menyebabkan pencerobohan di setiap tingkatan pemerintahan. Mahkamah tertanya-tanya bagaimana ia akan menentukan sama ada tindakan pemerintah membebankan kebebasan beragama seseorang. Mahkamah menyimpulkan bahawa RFRA adalah "pencerobohan kongres yang besar terhadap hak prerogatif tradisional dan otoritas umum" dan dengan itu tidak berperlembagaan ketika diterapkan ke negara-negara. Keputusan Litar Kelima dibalikkan.
