Ketika Sudan merdeka pada 1 Januari 1956, masyarakat animisme dan Kristian yang dominan tinggal di selatan negara baru tidak memiliki simbol wilayah, sementara umat Islam yang dominan di utara dan tengah negara itu mempamerkan sepanduk dengan simbolisme Islam. Sebelum merdeka, Inggeris (yang telah memerintah bersama dengan orang Mesir) telah mengatur simbol tempatan yang sesuai untuk wilayah-wilayah di Sudan, tetapi pemerintah baru di Sudan yang merdeka menentang penggunaan simbol-simbol ini sebagai bertentangan dengan memupuk perpaduan nasional.
Kuiz Menjelajah Afrika: Fakta atau Fiksyen? Tidak pernah turun salji di Kenya.Sejak awal, Sudan selatan merasa didiskriminasi oleh Islam utara. Orang-orang selatan berperang dengan perang saudara yang berlarut-larut dan berdarah untuk mendapatkan kemerdekaan mereka, yang berakhir dengan perjanjian damai pada tahun 2005 yang merangkumi referendum kemerdekaan di selatan. Referendum itu disahkan secara besar-besaran pada Januari 2011, dan Sudan Selatan merdeka pada 9 Julai. Pada tahun 1990-an, semasa perjuangan mereka dengan utara, orang Sudan selatan telah membuat sepanduk kemerdekaan, yang menjadi bendera kebangsaan baru yang dikibarkan untuk pertama kalinya ketika Sudan Selatan merdeka pada 9 Julai 2011.
Bendera ini mempunyai enam warna. Orang hitam mengingati keturunan Afrika hitam dari Sudan Selatan dan nama tradisional tanah mereka, yang berasal dari bahasa Arab bilād al-sūdān ("tanah orang kulit hitam"). Bendera putih adalah simbol kedamaian dan muhibah untuk semua. Red bermaksud darah dan pengorbanan pahlawan dan syahid sepanjang zaman. Hijau melambangkan pertanian, hutan, kekayaan semula jadi, dan kemakmuran serta kemajuan. Segitiga biru mewakili sistem Sungai Nil yang kekal, yang mengalir melalui daratan dan memberi rezeki. Kuning adalah simbol harapan dan tekad untuk semua rakyat.
