Bendera pertama yang benar-benar nasional di Samoa nampaknya telah diadopsi pada 2 Oktober 1873. Latar belakang berwarna merah membawa salib putih yang meluas ke tepi bendera, serta bintang putih di sudut angkat atas. Simbolisme tidak diketahui, tetapi salib dan bintang mungkin masing-masing mewakili agama Kristian dan kemerdekaan. Raja Tamasese, yang menyukai orang Jerman yang mengunjungi kawasan itu, kemudian mengubah bendera kebangsaan dengan meletakkan salib hitam di atas yang putih, memberikan warna merah-putih-hitam Jerman kepada Samoa. Bendera itu digunakan dari tahun 1886 hingga 1889, tetapi bendera tersebut tidak lagi digunakan setelah kematian orang Tamas. Amerika Syarikat dan Jerman membahagikan pulau-pulau pada tahun 1900 dan menubuhkan protektorat yang terpisah di mana bendera tempatan tidak digalakkan.
Pada awal abad ke-20 wilayah bekas Jerman ditadbir oleh New Zealand. Bendera lokal untuk pulau-pulau ini dikembangkan yang mencerminkan bendera Selandia Baru dalam warna merah-putih-biru, buruj Southern Cross, dan desain lapangan-dan-kanton. Diperkenalkan pada 26 Mei 1948, bendera Samoa baru berwarna merah dengan empat bintang putih di kanton biru; pada 24 Februari 1949, bintang kelima ditambahkan. Salib Selatan telah menjadi lambang bendera yang popular di negara-negara lain di Belahan Selatan. Ia digunakan, misalnya, oleh Australia, New Zealand, dan Brazil. Dalam bendera Samoa, putih dikatakan bermaksud kesucian, biru untuk kebebasan, dan merah untuk keberanian. Tidak ada perubahan yang dibuat dalam bendera kebangsaan ketika negara ini merdeka pada 1 Januari 1962.
